Par une chaude journée d'été, à Paris, deux hommes, Bouvard et Pécuchet, se rencontrent et font connaissance. Ils découvrent que, non seulement ils exercent le même métier (copiste), mais en plus ils ont les mêmes centres d'intérêts. S'ils le pouvaient, ils aimeraient vivre à la campagne. Un héritage fort opportun va leur permettre de changer de vie. Ils reprennent une ferme dans le Calvados, non loin de Caen et se lancent dans l'agriculture. Leur incapacité à comprendre va n'engendrer que des désastres.

L’Éducation sentimentale comporte de nombreux éléments autobiographiques (tels la rencontre de Madame Arnoux, inspirée de la rencontre de Flaubert avec Élisa Schlésinger). Le cœur du récit est tiré du roman de Sainte-Beuve : Volupté, qu’Honoré de Balzac avait déjà traité et d’une certaine manière réécrit avec le Lys dans la vallée.

Extrait : Un soir du mois d'août (elle avait alors dix-huit ans), ils l'entraînèrent à l'assemblée de Colleville. Tout de suite elle fut étourdie, stupéfaite par le tapage des ménétriers, les lumières dans les arbres, la bigarrure des costumes, les dentelles, les croix d'or, cette masse de monde sautant à la fois. Elle se tenait à l'écart modestement, quand un jeune homme d'apparence cossue, et qui fumait sa pipe les deux coudes sur le timon d'un banneau, vint l'inviter à la danse.

Sylvestre Bonnard, membre de l'Institut, est un historien et un philologue, doté d'une érudition non dénuée d'ironie. «Savoir n'est rien - dit-il un jour - imaginer est tout.» Il mène une vie austère au milieu de ses livres. Mais il consacre également tous ses efforts à trouver un manuscrit du XIVe siècle, la Légende dorée de Jacques de Voragine, dont il rêve comme un enfant peut convoiter quelque jouet extraordinaire.