Des événements étranges ont lieu à l'Opéra : le grand lustre s'effondre pendant une représentation, un machiniste est retrouvé pendu. La direction doit se rendre à l'évidence : un fantôme ou un homme machiavélique hante le théâtre. Certains affirment avoir vu le visage déformé de cet être qui ne semblerait pas être humain. Peu après, les directeurs de l'Opéra se voient réclamer 20 000 francs par mois de la part d'un certain « Fantôme de l'Opéra » qui exige aussi que la loge numéro 5 lui soit réservée.

À Nice, Hyacinthe Supia, le directeur du grand magasin «La Bella Nissa» est victime des forfaits du mystérieux cambrioleur Hardigras. Il demande de l'aide à Titin le Bastardon, lequel est amoureux de son amie d'enfance Antoinette, la filleule de Supia, promise au prince Hippothadée. Mais, rapidement, nombreux sont ceux qui soupçonnent Titin et Hardigras d'être une seule et même personne... Par ailleurs, Titin apprend que sa mère a été violée par trois hommes et qu'il est le fruit de cet acte. Il décide de retrouver ses trois pères...

Pour éclaircir l'énigme dans Le Mystère de la chambre jaune, le jeune reporter Rouletabille a voyagé en Amérique où il est remonté aux sources de sa propre enfance et au souvenir de la dame en noir, une belle inconnue au parfum unique qui venait à l'occasion rendre visiter au pauvre orphelin qu'il fût jadis. Maintenant que le jeune reporter a démasqué le coupable, les deux amoureux ont enfin pu s'épouser et une cérémonie de mariage a réuni presque tous les protagonistes du Mystère de la chambre jaune.

Ce roman débute par le long récit des opérations montées par le Roi des Catacombes, autrement dit roi Mystère, pour faire échapper à la guillotine un condamné à mort innocent. Commandant à l'ensemble de la pègre parisienne, ce personnage est tout puissant. Il dispose de moyens financiers illimités et de complices dans tous les rouages de l'Etat.